Kiedy wiosną 1946 roku Kronika Filmowa relacjonowała z warszawskiego kościoła Karmelitów obchody ustanowienia Konstytucji 3 Maja, nikt nie przypuszczał, że za kilkadziesiąt miesięcy nie będzie można nie tylko pokazać na ekranie mszy świętej, ale nawet wspomnieć o rocznicy 3 Maja (PKF 14/46). Wówczas było to nie do pojęcia; w pierwszych dwóch powojennych latach komunistyczna władza próbowała zgodnego współżycia z Kościołem katolickim.
Promocja w łódzkiej Oficerskiej Szkole Intendentury (PKF 29/46), otwarcie nowego mostu Poniatowskiego (PKF 24/46), a nawet rozpoczęcie budowy Ministerstwa Przemysłu i Handlu w Warszawie (PKF 45/47) – wszystkie te uroczystości odbywały się z udziałem dostojników kościelnych. Zdarzyło się nawet, że przedstawiciele partii komunistycznej wspólnie z duchownymi na Górnym Śląsku wzięli udział w chrzcie sierot, których rodzice zginęli podczas wojny (PKF 12/47). W 1948 roku, korzystając z wymiany międzynarodowej, Kronika zamieszczała reportaże z obchodów Niedzieli Palmowej w Jerozolimie i Nowym Jorku (PKF 13/48). W miarę upływu czasu sytuacja w relacjach państwo – Kościół stawała się trudna. Spotykając się z nieufnością Polaków, a w południowych regionach kraju prowadząc na terenach wiejskich nieustającą wojnę z oddziałami partyzanckimi, komuniści oczekiwali jednak całkowitego podporządkowania społeczeństwa swoim wytycznym. Ze strony Kościoła katolickiego, kierowanego książęcą ręką przez kardynała Adama Sapiehę, nie mogli na nie liczyć. Co więcej, w wielu miejscach kraju kościoły i plebanie bywały miejscem wsparcia dla wciąż istniejącego zbrojnego podziemia. W roku 1949 Kronika Filmowa jeden z materiałów poświęciła zresztą „Etyce księdza Gurgacza”, jezuity związanego z powojennymi oddziałami partyzanckimi na ziemi nowosądeckiej (PKF 35/49).
Nic więc dziwnego, że w roku 1949 w wydaniach PKF-u zaczęły pojawiać się jednoznaczne komentarze na temat kleru i informacje na temat tego, jak nowa władza widzi rolę duchowieństwa we współczesnym życiu Polski. Znamiennie zatytułowany – „Przeciwko siewcom zamętu” – reportaż z Lublina przedstawiał zjawisko cudu w tamtejszej katedrze. Pokazany w relacji wiceminister administracji mówił: „Sprawcą i organizatorem rzekomego cudu jest część reakcyjnego kleru działająca do spółki z wrogami państwa polskiego i władzy ludowej. Cenimy księży patriotów, ale potępiamy dywersantów” (PKF 31/49). Było jasne, że to nie wspomniany cud rozsierdzał władze, ale ożywione zainteresowanie, jakie społeczeństwo kierowało w stronę ośrodków duchowieństwa. W tym czasie nabrało też popularności pozytywne wyróżnianie na forum publicznym księży patriotów, czyli tych okazujących poparcie dla władzy ludowej, w odróżnieniu od tych niepokornych. Na mniej ufnych wobec komunistów kapłanów czekały zarzuty „zdrady, kolaboracji z Niemcami i działania na szkodę państwa polskiego”.
W stosunku do struktur kościelnych komuniści czuli się bezsilni. Mimo wielu prób inwigilacji kleru, form zastraszania, szantażu i nierzadkich aresztowań, administracyjną miarą nie mogli wyplenić praktyk religijnych utrwalonych kilkusetletnią tradycją. Miał rację następca kardynała Sapiehy kardynał Stefan Wyszyński, kiedy w trudnych latach stalinowskich promował obrzędowe formy ludowego katolicyzmu. Groźbami zwolnienia z pracy bądź relegowania z wyższych uczelni władza mogła posługiwać się w dużych miastach, na prowincji nie miała żadnych szans. Tym większa jednak rola przypadła publikatorom, w tym Kronice. Aby rozbić od wewnątrz środowisko polskiego duchowieństwa, skłócić biskupów i zdyskredytować nowego prymasa, który i tak na okres kilku lat zostanie internowany, komuniści potrzebowali narzędzia do oczerniania jednych i promowania drugich. Tematów dotyczących życia religijnego nie mogło zatem zabraknąć w PKF-ie.
Kiedy w roku 1948 Kronika przedstawiała kaliską pielgrzymkę duchownych ocalałych z obozu koncentracyjnego w Dachau, w ten sposób objaśniała sytuację międzynarodową: „Przypadek zrządził, że pielgrzymka kaliska odbyła się w tym samym czasie, kiedy papież w swoim wystąpieniu do biskupów niemieckich nazwał nasze Ziemie Zachodnie niemieckimi prowincjami. Z wypowiedzi wielu księży – uczestników pielgrzymki – wiemy, że ich stosunek do Niemiec i do Ziem Odzyskanych jest taki sam jak wszystkich Polaków, którzy cierpieli prześladowania ze strony Niemców” (PKF 19/48). Rzeczywiście, fakt nieobsadzenia zachodnich diecezji przez krajową administrację kościelną i brak właściwej dla Polski decyzji ze strony Piusa XII, przez wiele lat utrudniał stosunki między Kościołem a państwem. Dla komunistów nienaruszalność granic zachodnich była dogmatem fundamentalnym i jego poparcia oczekiwali na forum międzynarodowym, dla Watykanu zaś sytuacja w Europie przez wiele lat pozostawała elastyczna.
Trudno dziś dziwić się osiąganym różnymi środkami zabiegom wyrywania części duchowieństwa spod wpływów Episkopatu. „Patriotyczna część kleru pragnie żyć i pracować dla Polski Ludowej, którą kocha całym sercem; ci księża, którzy kochają ojczyznę, znajdą wspólną drogę z całym narodem” – głosił komentarz do PKF 38/49, zamieszczającej relację z wizyty wybranych duchownych u prezydenta Bieruta.
Przykłady intryg i prowokacji, w które w sprawach Kościoła zamieszana była Polska Kronika Filmowa, można mnożyć. To na jej łamach pojawiały się relacje z procesu przeciwko biskupowi kieleckiemu Czesławowi Kaczmarkowi, oskarżonemu o szpiegostwo na rzecz Stanów Zjednoczonych. W roku 1950 PKF kilkakrotnie występowała przeciwko katolickiej organizacji Caritas, nagłaśniając – zapewne słuszne – zarzuty nieprawidłowości w rozdziale darów, i forując bez zastanowienia zarzuty o współpracę księży z gestapo (PKF 7/50 temat 1-3, temat 4-6). Zdarzały się też w Kronice, zapewne realizowane na zlecenie Komitetu Centralnego Partii, bezpardonowe ataki na wybranych kapłanów i zawstydzające dziś ingerencje w personalne decyzje struktur kościelnych (PKF 10/50).
Najprawdopodobniej nie czując zagrożenia ze strony wyznawców religii innych niż katolicyzm, władze państwowe nie przywiązywały wagi do pozostałych Kościołów działających w Polsce. Stąd mimo dziesiątek materiałów dotyczących katolików, tylko pojedyncze odnoszą się do np. do wyznawców prawosławia: w cyklu „Obiektywem po Polsce” Kronika odwiedziła Piotrków Trybunalski, by pokazać tamtejszą cerkiew greckokatolicką (PKF 30/48). Do tematu wróciła jednak dopiero w roku 1956, a więc już po przeprowadzeniu akcji „Wisła”, wysiedlającej wyznawców prawosławia i grekokatolików z terenu wschodnich Bieszczad (PKF 41/56).
Dla uspokojenia napiętej atmosfery, której skutki były szczególnie odczuwalne w województwach zachodnich, pod koniec roku 1951 odbyło się we Wrocławiu zebranie działaczy katolickich i duchowieństwa, mających zaprotestować „przeciwko remilitaryzacji Niemiec Zachodnich oraz antypolskim zakusom na granice nad Odrą i Nysą”. Jak wyjaśniła Kronika: „Zjazd wyraził ostry protest przeciwko antypolskiej polityce Adenauera i jego amerykańskich mocodawców” (PKF 52/51). Mimo, iż uczestnicy zjazdu stwierdzili, że „granice na Odrze i Nysie są nienaruszalne”, atmosfera tymczasowości trwała aż do podpisania przez Władysława Gomułkę w roku 1970 układu między Polską a Republiką Federalną Niemiec. Do tego czasu co rusz kwestie niewyjaśnionych relacji z Kościołem burzyły stosunki wewnątrzpaństwowe, ze szczególnym nasileniem w roku 1965, czyli w momencie, gdy polscy biskupi wysłali do biskupów niemieckich list ze słowami „Przepraszamy i prosimy o przebaczenie”…
W październiku 1956 kardynał Stefan Wyszyński wyszedł na wolność po trzech latach odosobnienia. Panujący wszędzie entuzjazm odwilży udzielił się wtedy i Kronice, relacjonującej to wydarzenie w wydaniu PKF 46/56. Kilka tygodni później prymas mianował pierwszych polskich biskupów w diecezjach zachodnich (PKF 52/56). Dopiero 12 lat po wojnie sytuacja wyznaniowa na Ziemiach Odzyskanych uległa jako takiej normalizacji.
